河套学院审计学专业是在原巴盟财校1983年开设的会计专业和1986年开设的财务管理专业，以及河套大学1992年开设的会计电算化、1986年开设的企业管理、2001年开设的工商管理、2013年开设的财务管理本科专业基础上，于2015年设置的本科专业。依据高校转型发展要求，根据区域经济建设和社会发展需要，审计学专业培养德、智、体、美、劳全面发展，基础理论扎实，知识面宽，实践能力强，综合素质高，具有自主学习能力和创新创业意识，适应现代市场经济需要和我国审计工作发展需要，适应西部经济建设，尤其是内蒙古及周边地区经济建设与社会发展需要，具备人文精神、科学素养和诚信品质，具备经济、管理、法律及审计等方面的知识和能力，具备较强的专业实践能力、通晓审计、会计准则及相关的经济法规，掌握现代审计理论、方法和手段，能在经济管理领域从事会计、社会审计、内部审计和管理咨询工作的高素质应用型人才。
目前为止，审计学专业在校生319人，已毕业38人。