学校学科体系完善，优势特色学科明显。有省（部）级重点学科4个：水产一级学科被确定为省高水平重点学科，该学科在2012年教育部第三轮学科评估中位居第三位；水生生物学、动物遗传育种与繁殖2个二级学科被确定为辽宁省优势特色重点学科；水产养殖二级学科为农业部重点学科。