学校学科实力持续增强。现有国家中医药管理局中医药重点学科1个、国家临床重点专科1个、国家中医药重点专科1个、四川省重点学科1个、四川省医学重点学科22个。四川省博士后创新实践基地1个、联合培养博士点2个。学校研究生教育包括学术学位和专业学位2个类型：学术学位有基础医学、临床医学、药学、医学技术4个一级学科授权点；专业学位有临床医学、口腔医学、护理、中医4个授权类别；涵盖基础医学、临床医学、护理学、药学、中医学、医学技术、公共卫生与预防医学和口腔医学8个一级学科的32个二级学科授权点。临床医学进入ESI全球排名前1%。学校当前正全面推进一流学科建设，重点建设临床医学、基础医学2个一流学科，药学、生物医学工程、马克思主义理论3个一流学科群。