生物工程专业自2000年创办以来，经过十余年不断的学科建设与完善，逐渐形成了一支在国内本学科领域有较大影响和较高声誉的、以中青年学者为主的专业学术队伍。在巩固已形成的专业优势和特色基础上，确立了以发酵工程为主体的专业方向。近年来，围绕着黑龙江省的优势资源和地方特色，开展了以农副产品原料或天然食物成分为底物，在天然植物成分的生物催化、转化、传统食品的发酵技术、微生物发酵法高分子聚合物生产的微生物发酵与食品添加剂的生物制造方向。科研成果显著，科研优势突出，特色鲜明，科研转化能力强，取得了良好的社会经济效益。有多名教授在全国几个与本院学科专业相关的一级与二级学会中中担任理事长、副理事长、常务理事、理事等职。